Les inondations ont toujours été le principal fléau récurrent dans la vie des toulousains du quartier Saint-Cyprien. Celles-ci deviennent cependant plus fréquentes et plus meurtrières au XVIIIème siècle, principalement à cause de la déforestation des forêts pyrénéennes pour alimenter en bois les chantiers de la Marine Royale.

• 1875, le 23 juin [1], le vent d’Ouest, qui apporte plusieurs jours de pluies torrentielles, provoque également une brusque fonte des neiges sur les Pyrénées : la plus grave inondation de l’Histoire de Toulouse survient alors dans le quartier Saint-Cyprien. A 4 heures du matin, les fenêtres du rez-de-chaussée de l’Hôtel-Dieu sont maçonnées par les étudiants ; à 10 h, l’eau monte de 17 cm par minute ; à 14 heures, les malades sont évacués dans l’aile Viguerie (certains même seront évacués par les toits) et à 15 heures l’Hôtel-Dieu est inondé par les égouts ; à 15h45 La Grave est complètement inondée ainsi que le premier étage de l’Hôtel-Dieu. A 23 heures, alors que l’eau a atteint le niveau de 9,47 mètres, les sauveteurs se regroupent à l’Hôtel-Dieu. Le 24 juin au matin, les eaux s’étaient retirées.
  Le bilan de cette catastrophe s’élève à 208 corps retrouvés...et 953 maisons détruites. Les eaux ont atteint la côte de 9,75 m ; les rez-de-chaussées de l’Hôtel-Dieu et de La Grave sont sérieusement endommagés ; l’eau arrivait au dessus du premier étage des bâtiments, emportant tout. Les journaux illustrés de l’époque évoquent une véritable catastrophe. Le montant des dégâts est évalué à 12 317 275 francs (une somme colossale pour l’époque).
  Le Maréchal Mac-Mahon visite le quartier le 26 juin.
  Devant l’ampleur des destructions, vont se succéder plusieurs projets qui ne vont trouver leur épilogue qu’aux alentours des années 1950 : une autre crue en 1952 va décider la ville à compléter le réseau de digues.
• 1876, début de la campagne de rénovation des Hôpitaux après l’inondation, campagne qui a duré jusqu’en 1893.
• 1889, trop de mortalité à l’Hôtel-Dieu : installation de la Maternité à la Grave avec l’école d’accouchements.
• 1891, le 3 novembre, une proposition du Conseil Municipal, largement anticlérical, demande le retrait de toutes les Religieuses des services hospitaliers, en prétextant des économies budgétaires ; c’est le début du long débat sur la laïcisation des Hospices.
• 1893, Rénovations très importantes à l’Hôtel-Dieu, toujours dans le programme d’aménagements nouveaux : salles plus vastes, plus hautes, bien éclairées, plus ventilées.
• 1896, le 7 octobre, une loi définit le statut de l’Hôtel-Dieu institué pour un siècle et demi. Au terme de cette loi, les administrations communales ont compétence pour la surveillance des hôpitaux, la gestion des biens, l’administration intérieure et le renvoi des malades. L’évolution des charges d’administration renforce aussi la présence des notables urbains.

D’un point de vue général, la seconde moitié et la fin du XIXème siècle sont marquées par les progrès multiples, à la fois industriels, scientifiques et sociaux. L’hygiène hospitalière se développe ; Louis Pasteur (1822-1895) transforme la Médecine grâce à ses travaux sur les fermentations et les microbes ; En 1882 Robert Koch identifie le bacille qui portera son nom ; l’électricité trouve des applications médicales : électrothérapie et électrodiagnostic, autrement dit les Rayons X découverts par Roëtgen en 1895. La même année, la première seringue en verre est fabriquée