Le départ des malades. caricature - Musée d’Histoire de la Médecine Toulouse La Seconde Guerre Mondiale transforme la Médecine en profondeur ainsi que l’organisation de l’Hôtel-Dieu, comme celle de tous les hôpitaux du monde.
C’est également après la Guerre que tout le système administratif hospitalier va prendre de l’ampleur, notamment avec l’instauration de la Sécurité Sociale en 1945. Le rôle du directeur devient là aussi plus important. Le développement de l’administration évolue en parallèle des services médicaux, soignants et techniques.

• 1946, on commence le déménagement de certains services de l’Hôtel-Dieu vers Purpan.
• 1947, installation à l’Hôtel-Dieu de l’Ecole d’Infirmiers et d’Infirmières et d’Assistantes Sociales.
• 1949, destruction de la pile du Pont Couvert restante au milieu de la Garonne.
• De 1954 à 1957, les constatations depuis longtemps énoncées sont prises en considération : l’Hôtel-Dieu, dont le bâti « travaille » au rythme des mouvements du fleuve, se fissure ; le bâtiment amont le long de la Garonne se lézarde. Des travaux de consolidation intérieur et extérieur de l’Hôtel-Dieu vont être entrepris.
  L’architecte R. Trilhès va jouer un grand rôle dans la défense de l’Hôtel-Dieu contre l’affaissement : la structure générale va être renforcée par des poutres en béton et les pieux de bois, qui supportent les murs de brique, vont être noyés dans des structures de béton enfoncées de trois mètres dans le tuf (roche poreuse légère) du lit de la Garonne.
  Les travaux vont durer trois ans et l’Hôtel-Dieu va prendre l’aspect que nous lui connaissons aujourd’hui.