Les militaires, nombreux comme dans toutes les villes de garnison, sont soignés à l’Hôtel-Dieu Saint-Jacques dans un quartier qui leur est réservé, moyennant une aide de l’Etat de 8 sols par jour. Cette aide est nettement insuffisante car la pension fixée pour tout malade était de 23 sols.
Les militaires souffrent, outre des blessures dues à la guerre, de malnutrition, de maladies vénériennes (forte fréquentation des prostituées) et de troubles causés par le manque d’hygiène (inexistante dans l’armée à cette époque).
Le nombre de soldats stationnés en ville semble avoir été, selon les sources, considérable.
L’hospitalisation des soldats grevait encore davantage le budget des Hôpitaux, déjà en proie à de très grosses difficultés financières. Cette population de l’Hôtel-Dieu augmente encore à partir de 1750 ; il y a de plus en plus de soldats hospitalisés, si bien que l’administration hospitalière expose son mécontentement à l’Etat à ce sujet.

Mais cette fonction d’accueil des patients militaires n’allait plus très longtemps incomber aux hôpitaux civils puisque l’établissement à Toulouse du quartier général de l’armée du Languedoc rendait indispensable la création d’un hôpital spécialement affecté aux soldats malades.