Napoléon en visite à Toulouse, 1808 Au fur et à mesure du temps, l’Hôpital Larrey se transforme, s’adapte et s’améliore dans un contexte où la guerre est toujours dominante. Durant la période Napoléonienne, il est surtout spécialisé dans les maladies vénériennes.

• En 1807, la campagne militaire du Portugal implique de nouvelles activités militaires pour Toulouse ; en 1808 lorsque Napoléon vient en visite à Toulouse, il va préparer la ville à son nouveau rôle de base arrière.
  (Lors des guerres Napoléoniennes avec l’Espagne, Toulouse abrite un arsenal militaire qu’elle va garder jusqu’en 1970).

D’Alexis Larrey à Hippolyte Larrey
C’est dans cette même année 1808 que naît à Paris Hippolyte Larrey (fils de Dominique Jean Larrey lui-même neveu d’Alexis Larrey). Il va devenir chirurgien de Napoléon III et médecin-chef de l’armée lors de la campagne d’Italie de - 1859. Il est devenu membre de l’Académie de Médecine à compter de 1850 et de l’Académie des Sciences à compter de - 1867 ; à sa retraite, il est élu député de Bagnère-de-Bigorre. Il a eu une action prépondérante en faveur de la loi de 1882 qui devait marquer l’autonomie du Service de Santé des Armées.
C’est son nom qui sera donné au futur hôpital militaire construit au siècle suivant.

Le 10 avril 1814, Toulouse est le théâtre de la bataille contre les troupes anglo-espagnoles de Wellington, victorieuses des troupes françaises du Maréchal Soult.
En juillet 1854, une épidémie de choléra prend sa source à l’Hôpital militaire, 900 cas sont recensés en ville ; on y comptera 500 morts « seulement » ...car la même épidémie a fait en revanche 10 000 morts en Ariège.