1130-1140, attestation de l’existence de l’Hôpital Sainte-Marie de la Daurade, rive gauche de la Garonne, (avant lui existait « la charité Sainte-Marie ») grâce à un legs d’un prieur [1] Bénédictin de la Daurade (Hospitale Beate Mariae). Cet établissement répond à l’augmentation nécessaire des capacités d’accueil pour les malades et les pèlerins venant de la route d’Auch ; cet établissement charitable est alors considéré comme bien d’église, privilégié et protégé comme tel.
 1141, le Comte Alphonse Jourdain autorise la construction d’un pont, le Pont de la Daurade, entre l’Hôpital Sainte-Marie et le Couvent de la Daurade. Ce pont va servir pendant cinq siècles. C’est sa dernière pile que l’on peut voir aujourd’hui accolée à l’Hôtel-Dieu.
 1225-1227, grâce au legs d’un terrain par Arnaud d’Aragon, prieur de la Daurade, un nouvel établissement charitable est édifié pour recevoir les nécessiteux : l’Hôpital Nouvel ou Novel (du nom de leurs architectes Rosergio et Bertrand de Novelo), bâti sur pilotis de chêne, plus vaste que son voisin l’Hôpital Sainte-Marie auquel il sera associé en 1313.
 1257, date considérée comme celle de la fondation officielle de l’Hôpital Saint-Jacques avec un nouvel acte de donation du prieur de la Daurade Bertrand de Saint-Géniès le 5 janvier : « officiellement confié aux membres et bayles de la confrérie Saint-Jacques ».
 1313, l’Hôpital Sainte-Marie de la Daurade et l’Hôpital Nouvel sont réunis pour former l’Hôpital Saint-Jacques du Bout-du-Pont, qui ne cessera par la suite de s’agrandir. Des voûtes et des arcs vont relier matériellement les deux bâtiments en 1560.