Au cours de ces cinquante dernières années, la pédiatrie hospitalière a subi de nombreuses mutations. Avant 1946, la clinique médicale infantile composée de 60 lits était installée à l’Hôtel-Dieu Saint-Jacques dans le bâtiment Barric situé dans la cour des Filles de la Charité. La clinique Chirurgicale infantile, très comparable, était installée à la Grave.
 En 1947, les services Pédiatriques sont transférés à l’Hôpital Purpan dans des locaux neufs qui ont permis d’augmenter l’effectif du service à une centaine de lit pour la médecine et 95 lits pour la chirurgie, avec modernisation des locaux et des techniques, entraînant une augmentation considérable de l’activité.
 En 1961 est construit un nouveau bâtiment destiné à l’unité spéciale des prématurés.
La croissance de l’activité allait justifier en 1970 un troisième service de 47 lits puis un quatrième à l’ouverture de l’Hôpital Rangueil en 1975. L’effectif maximal d’hospitalisation est alors porté à 300 lits.
 En 1984, un cinquième service de Pédiatrie était créé.

Mais malgré ces efforts, le potentiel d’hospitalisation était insuffisant. Il paraît alors nécessaire à la communauté hospitalière de construire, sur une partie du parking de Casselardit en contrebas de l’Hôpital Purpan, un Hôpital des Enfants regroupant les différentes spécialités de la pédiatrie (234 lits).
Ce concept, nouveau pour les hôpitaux de Toulouse, permet la prise en charge de l’Enfant quelle que soit la gravité de son état.
En 1997, les pédiatres ont adopté cette nouvelle organisation médicale avec la création d’un département Médico-Chirurgical de Pédiatrie unique.

 En 1989, la création du nouvel Hôpital des Enfants est inscrite au Plan Directeur. Le 6 janvier 1995, le Ministre délégué à la Santé Philippe Douste-Blazy a présidé la pose de la première pierre du bâtiment.
Ce complexe hospitalier représente un concept nouveau dans la prise en charge de l’enfant : Au rez-de-chaussée sont regroupés les services « lourds » : urgences, bloc, réanimation, néonatologie. Au deuxième étage sont situés les secteurs d’hospitalisation où sont regroupées les diverses spécialités pédiatriques. L’ouverture de l’Hôpital des Enfants a lieu le 23 septembre 1998 et l’ensemble des services de Pédiatrie éparpillés sur le site de l’Hôpital Purpan depuis les années 1950 y sont regroupés. En 2002, l’Hôpital est accrédité.

Cet hôpital offre des structures d’accueil permettant non seulement de prendre en charge l’ensemble des pathologies pédiatriques, mais permet aussi de répondre aux besoins psychologiques et sociaux des enfants et de leur famille. C’est dans ce but qu’a été inaugurée la Maison des Parents proche de l’Hôpital des Enfants pour assurer un logement temporaire aux familles des enfants hospitalisés (lieu de vie, écoute, échanges ...).
A cela s’ajoute un accompagnement scolaire et une zone de jeux où des psycholoques, des éducateurs et des diététiciennes peuvent prendre en charge un programme d’éducation de la santé.